La ACJ Ecuador tiene una estructura de voluntariado, que define las políticas de la institución, y un equipo técnico, que ejecuta las políticas.

El voluntariado se reúne en la Asamblea Nacional de Socios Básicos cada año, para definir las orientaciones programáticas de la Institución. Cada dos años se realizan elecciones para renovar el Directorio Nacional de la Institución, asegurando una representación de las diferentes filiales, así como un balance de género y generacional. Las Filiales también realizan Asambleas Locales anuales en las cuales se definen las políticas para el año.

La ACJ trabaja por medio de las siguientes oficinas en el Ecuador:

• Oficina Nacional: Ubicada en Quito, que realiza funciones de coordinación nacional entre las Filiales y los proyectos de la ACJ, relacionamiento nacional e internacional, representación de la ACJ Ecuador.
  
• Filial Quito, que trabaja principalmente con jóvenes y niños/as en los barrios del Sur de la ciudad.
  
• Filial Santo Domingo de los Colorados, que trabaja desde su local en el Parque San Francisco en formación ciudadana.
  
• Filial Portoviejo, que desarrolla el Programa de Desarrollo Comunitario, Ciudadanía Activa y Liderazgo Juvenil